一种基于蛋白质分子场预测相互作用位点的方法

摘要

本发明公开了一种基于蛋白质分子场预测相互作用位点的方法，首先搭建起一个GPU与CPU异构的高性能集群计算平台并建立优化算法以进行蛋白质的复杂生物计算，实现蛋白质相互作用的分子动力学模拟，从蛋白质分子相互作用开始到结束，保存其中若干帧的位置信息，对每一帧计算蛋白质分子场，最后分析蛋白质中每一个残基的分子场变化，找出变化最大的若干个残基，即可能的相互作用位点。本发明利用建立的GPU与CPU异构的高性能集群计算平台及其优化计算途径，运用量子化学计算蛋白质分子场，具有较高的精度，可以方便、快速、有效地对蛋白质相互作用过程进行分析，对可能的作用位点具有较高的预测度，在生物计算领域具有很大的实用价值。