基于集成卷积网络的蛋白质相互作用位点预测方法研究

目录

声明

第一章绪论

1.1 研究背景与意义

1.2 国内外研究现状

1.2.1 基于生物实验的方法

1.2.2 基于计算的方法

1.3 本文主要研究内容

1.4 本文的组织结构

第二章相关工作的基础理论

2.1 蛋白质及相互作用位点概念

2.1.1 蛋白质相关概念

2.1.2 蛋白质数据库

2.1.3 蛋白质相互作用位点

2.2 相关算法

2.2.1 深度神经网络

2.2.2 卷积神经网络

2.2.3 集成学习

2.3 本章小结

第三章蛋白质相互作用位点预测模型的实现

3.1 引文

3.2 数据集

3.2.1 DBv5-Sel 数据集

3.2.2 CAPRI-Alone数据集

3.2.3 数据集中的正负样本

3.3 特征的抽取及构建

3.3.1 抽取基础特征

3.3.2 构建特征图

3.4 ConvsPPIS预测框架的设计

3.5 评价指标

3.6 本章小结

第四章实验结果与分析

4.1 确定滑动窗口的大小

4.2 验证特征图加深度卷积网络的有效性

4.3 对比集成基于不同特征图的预测器

4.4 ConvsPPIS模型的实验结果与分析

4.4.1 ConvsPPIS 模型参数设定

4.4.2 ConvsPPIS 与现有预测方法对比

4.4.3 ConvsPPIS 模型的预测示例

4.5 本章小结

结论

参考文献

攻读硕士学位期间取得的成果

致谢