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鸡脂肪候选基因Lpin2基因及其应用方法

摘要

鸡脂肪候选基因Lpin2基因及功能突变检测方法,属于分子生物学技术领域。本发明提供的鸡脂肪候选基因lpin2基因,的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。鸡脂肪候选基因功能突变检测方法:采用上述鸡脂肪候选基因lpin2基因序列,与鸡基因组序列比对,针对存在的变异,采用PCR-RFLP法,用下述引物对鸡的总DNA进行PCR扩增,然后用MspI酶进行单核苷酸多态性检测,正向:5′CATAGAATCATGTGCTCCAAAG 3′,反向:5′TTACCTAAGGGGCTGAACACT 3′。本发明巧妙地利用创造酶切位点PCR-RFLP法检测SNPs,发现了影响鸡生长及屠体性状的功能基因和特异性突变位点。采用标记辅助选择选择是一大发展趋势。

著录项

  • 公开/公告号CN102021174A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2011-04-20

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 黄艳群;

    申请/专利号CN201010264826.0

  • 申请日2010-08-27

  • 分类号C12N15/12;C07K14/465;C12Q1/68;

  • 代理机构郑州中原专利事务所有限公司;

  • 代理人张绍琳

  • 地址 450002 河南省郑州市文化路95号

  • 入库时间 2023-12-18 02:13:30

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2015-10-28

    未缴年费专利权终止 IPC(主分类):C12N15/12 授权公告日:20130626 终止日期:20140827 申请日:20100827

    专利权的终止

  • 2013-06-26

    授权

    授权

  • 2011-06-08

    实质审查的生效 IPC(主分类):C12N15/12 申请日:20100827

    实质审查的生效

  • 2011-04-20

    公开

    公开

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学检测动物脂肪性状技术领域,具体涉及一种鸡脂肪候选基因1pin2基因及其应用方法。 

背景技术

1、Lpin2基因与脂肪沉积的关系 

目前,Lpin2基因的研究主要集中在人和小鼠上,关于鸡Lpin2的研究还未见相关报道。Lpin2是在60%的氨基酸序列与Lpin1相似的基础上被鉴定出来的,它含有两个高度保守区域N-LIP(约125个氨基酸)和C-LIP(约200个氨基酸)域,这两个区域对它的功能来说是很关键的。Jimmy Donkor(2007)的研究确定哺乳动物的lipin2是磷脂酸磷酸酶1(PAP1),它在甘油三酯、卵磷脂和脑磷脂的从头合成中起到重要作用,他(2009)的最新研究又发现Lpin2与Lpin1一样,也具有转录辅激活因子活性,可以调节脂肪酸氧化相关基因的表达。 

在动物体内中,甘油三酯、卵磷脂和脑磷脂的从头合成主要是通过甘油磷酸途径来催化的。磷脂酸磷酸酶在甘油磷酸途径中甘油三酯、卵磷脂和脑磷脂的生物合成中是必需的,甘油磷酸途径可以催化磷脂酸脱磷酸化产生甘油三酯和Pi。脂肪组织中不足的和过度的甘油三酯沉积与肝脏和骨骼肌中不恰当的脂质蓄积相关,还与受损的脂肪因子的产生有关。这些反过来又造成胰岛素抗性和血脂异常,即代谢综合征的主要组分。从对疾病如肥胖和脂肪营养不良的研究中我们就可以清楚地看到脂肪沉积的调节对于代谢平衡来说是很关键的。 

2、Lpin2基因在人上的研究 

在人类上,Lpin2被定位在18p11上,一个与2型糖尿病有关的区域。Lpin23’UTR的一个SNP rs3745012与脂肪分布和2型糖尿病显著相关。Zhou J的研究指出,人类Lpin2基因包含20个外显子并约跨越115kb,推测Lpin2cDNA包含6245个核苷酸。一个核定位信号靠近NH2末端,并且在Lpin蛋白质间是高度保守的。Lpin2在不同的组织都有表达,包括骨骼肌。罕见的Lpin2突变会引起Majeed综合症,一种人类炎症性障碍疾病,主要症状是易复发的骨髓炎、发烧、红细胞生成不良引起的贫血和皮肤炎症,这些症状揭示了Lpin2在体内非冗余的功能。在无亲缘关系的阿拉伯家族中鉴定到三个不同的Lpin2突变,一个是Lpin2编码区两个核苷酸的缺失引起未成熟终止密码子的出现,可能导致介导的无义mRNA的衰减并出现无功能的蛋白质产物;第二个突变发生在Lpin2外显子17的供体剪接位点处,这可能会导致内含子序列的连读,在终止密码子之前添加65个无关的氨基酸残基;这两个突变都阻碍了全长Lpin2蛋白质的生产,而第三个突变则是点突变,它引起单个核苷酸的替换,S734L。 

3、Lpin2基因在鼠上的研究 

Matthew C(2009)在fld小鼠上的研究表明,Lpin2是一种在肝脏中富集的磷脂酸磷酸酶,而且肝脏Lpin2蛋白质含量在Lpin1缺失、禁食和肥胖的情况下显著增加,通常不依赖于稳态mRNA水平的改变。若假设Lpin1是唯一一个在甘油三酯合成方面有重要作用的磷脂酸磷酸酶,fld小鼠的肝脏表型有点奇怪。首先,新生的fld小鼠因甘油三酯的过度堆积表现出严重的肝脏皮脂腺病;其次,虽然fld小鼠的其它组织严重缺乏PAP1活性,成年fld小鼠仍保持显著的依赖Mg2+的PAP活性和甘油三酯合成的正常比率。这些研究表明肝脏中还有其它活跃的PAP1酶。在标记的N端和C端区域序列同源性的基础上,lipin家族的另外一个成员Lpin2被鉴定出来。重要的是,Lpin2也表现出PAP1活性,虽然二者的相对活性和催化最大速率相比较为Lpin1>Lpin2。而这些数据又与近来在HeLa细胞中使用lipin2shRNA的研究形成强烈反差[32],在那个研究中由于对lipin1mRNA和蛋白质的补偿性诱导,lipin2的敲除实际上使得PAP-1活性增加了。虽然还没有关于这些差异的明确解释,lipin1和lipin2作为PAP-1酶的相对重要性已经很清楚的表明具有细胞特异性。 

4、Lpin2基因在猪上的研究 

X.P.He(2008)对猪的Lpin2基因进行了分子鉴定、染色体定位及与背膘厚度的关联分析,获得了猪Lpin2基因的一个2985bp的cDNA序列,这个序列包含一个2676bp,两侧分别是11bp的5’UTR和298bp的3’UTR的开放阅读框。表达谱分析显示猪Lpin2在肝脏中表达水平最高,在脾脏、肺、肾和脂肪中的表达水平也都很高,在心脏和骨骼肌中的表达水平低。通过SCHP技术还将猪Lpin2定位在6q24-(1/2)q31上,依据猪QTL数据库,背膘厚度的几个QTL也被定位在这个小染色体区域,这表明LPIN2可能与猪的脂肪沉积有关,RH作图揭示了Lpin2与猪6号染色体上的SW1059是紧密连锁的。另外,在猪Lpin2上还鉴定到一个同义的SNP T2193C,并且通过Hin6I限制性内切酶检测到这个SNP在编码序列的2193位置上并且没有导致氨基酸的改变,关联分析显示这个SNP与猪第6和第7肋间的背膘厚度相关,这是揭示猪脂肪沉积能力的一个重要性状,因此猜测Lpin2可能是猪脂肪沉积的一个候选基因。 

5、Lpin2与Lpin1的关系 

Neil Grimsey(2008)的研究揭示lipin1和2的功能从单细胞真核生物到哺乳动物在进化上都是保守的,两个Lipins在HeLa M细胞内的位置不同,成簇的Lpin2与细胞膜连接紧密。siRNA介导的Lpin1的沉默导致HeLa M细胞中PAP1活性显著降低,这与表达一个无效的Lpin1突变等位基因的fld小鼠组织中PAP1活性的丧失是一致的。然而,Lpin2的沉默则引起Lpin1水平和PAP1活性的提高。与它们在HeLa M细胞内不同的功能一致,Lpin1和Lpin2在3T3-L1脂肪细胞 的分化上表现出不同的蛋白质表达模式。Lpin2的水平在Lpin1缺失的3T3-L1细胞中有所增加,并且没有弥补脂肪生成的缺陷,而Lpin2的缺失则没有抑制脂肪生成。两个Lpin不同的功能可以解释它们在脂肪形成期间表达的时序性,脂肪生成的细胞模型显示前脂肪细胞首先被定型为进行分化,随后便进行有限的增殖,当它们获得专门的脂肪生成特性,包括脂质蓄积时,最终完成成熟过程。Lpin1不在前脂肪细胞中表达,这表明Lpin2能够先于细胞分化提供必需的PAP1活性,Lpin2的水平会间接影响脂肪生成。最后还指出两个lipins的PAP1活性都可以被有丝分裂期间的磷酸化作用所抑制,导致细胞分裂期间细胞PAP1活性的降低。因此可以说Lpin1和Lpin12不同的和非冗余的功能调节了整个细胞周期和脂肪细胞分化期间的脂肪生产。 

6、鸡Lpin2基因的初步分析 

现已在NCBI数据库上搜索到鸡Lpin2CDS(NM_001006386),经分析其位于鸡2号染色体上,跨越全基因组序列的1938499-1966777bp这个区域。经分析和重新拼接得到鸡Lpin2基因的完整序列,全长31516bp,包含19个外显子和18个内含子,鸡Lpin2基因全编码序列长度为2664bp,预测编码887个氨基酸蛋白,与人、鼠、猪和爪蟾属Lpin2的同源性分别为74.35%、74.67%、72.94%和69.73%,与鸡Lpin1基因的同源性为47.16%。 

目前,Lpin2基因的研究主要集中在人和小鼠上,关于鸡Lpin2的研究还未见相关报道。研究Lpin2可以深入了解其与脂肪性状的关联,为筛选脂肪沉积相关的分子标记和重要候选基因奠定基础,在培育低脂肪肉鸡新品系,调控肉鸡体内脂肪沉积方面有重要作用。本研究拟通过寻找重要多态位点进行多态性分析,以了解鸡Lpin2基因变异与性状的关联,为Lpin2基因在鸡上的深入研究奠定基础。 

发明内容

本发明的目的是克隆出鸡脂肪性状的功能候选基因lpin2基因,并提供一种鸡脂肪候选基因的应用方法,即单核苷酸多态性(SNPs)来检测鸡脂肪性状的方法。 

为实现上述目的,本发明采用的技术方案如下: 

本发明利用电子克隆和RT-PCR,从鸡的肝脏组织获得了鸡Lpin2基因(鼠Lpin2基因的同源基因)的编码序列,编码序列(CDS)为2709bp。该基因的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。该基因的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。 

单核苷酸多态性(SNPs)来检测鸡脂肪性状的方法:采用上述鸡脂肪候选基因lpin2基因序列,与鸡基因组序列比对,针对存在的变异,采用PCR-RFLP法,用下述引物对鸡的总DNA进行PCR扩增,然后用MspI酶进行单核苷酸多态性检测, 

正向:5′CATAGAATCATGTGCTCCAAAG 3′ 

反向:5′TTACCTAAGGGGCTGAACACT 3′。 

检测出鸡候选基因Lpin2的G444A是G还是A,G等位基因可被MSPI酶切产生一个268和25碱基的片段;A等位基因不能被MSPI酶切;AA纯合子只产生一个386的片段;GG纯合子将产生227和149碱基的片段;GA杂合子将产生386、227和149碱基三种片段。 

分析显示鸡Lpin2基因不同基因型对一些屠体性状有显著效应。对体重和体尺的效应达到显著水平中,AA基因型的体重和体尺最大,而GG基因型的体重和体尺均最小。显示LPIN2基因对生长相关性状有重要的效应,有望用于鸡的标记辅助选择。 

本发明巧妙地利用创造酶切位点PCR-RFLP法检测SNPs,发现了影响鸡生长及屠体性状的功能基因和特异性突变位点。采用标记辅助选择选择是一大发展趋势。 

具体实施方式

一.实验材料与方法 

1.实验材料 

1.1菌株和克隆载体 

本发明所用菌株见表 

本发明所用的克隆载体为: 

pGEM 3zf(+/-)vectors 

pGEM 7zf(+/-)vectors 

PGEM-T Vectors均来自Promega公司。 

1.2.实验动物组织样与血样 

以固始鸡、安卡红肉鸡杂交产生的F2代为实验素材,其中肉鸡做父本为正交系,固始鸡做父本为反交系,正反交各4个家系共860只鸡。13周龄宰杀,记录各项屠体指标。13周龄时翅静脉采血,草酸盐抗凝,酚仿抽提之后,TE溶解-20℃保存。 

1.3.酶与试剂 

各种酶、RNA试剂盒、RACE试剂盒等试剂分别购自华美生物工程公司、Biolab公司和Promega公司;PCR引物由上海生物工程公司和西安美联公司合成。其它常规试剂来自中国农业大学物资供应科。 

1.4.DNA分析软件 

同源性分析软件:DANMAN 

PCR引物设计软件:OLIGO4.0, 

数据分析软件:SAS(6.12版本)。 

2.实验方法 

2.1电子克隆方法 

以鼠LPIN2基因(accession Num.:NM_022882)编码序列为种子序列,搜索NCBI数据库,获得一个与鼠编码序列高度同源的基因(NM_001006386),并以该序列为模板进行基因的PCR验证。 

2.2设计引物 

1)RT-PCR验证鸡Lpin2基因编码序列和检测编码序列多态的引物 

表1RT-PCR验证鸡Lpin2基因编码序列和检测编码序列多态的引物 

3)PCR-RFLP法检测变异的引物 

正向:5′CATAGAATCATGTGCTCCAAAG 3′ 

反向:5′TTACCTAAGGGGCTGAACACT 3′ 

扩增片段长度为386bp。 

2.3缓冲液与常用试剂的配制 

TE缓冲液:10mM Tris·Cl,1mM EDTA,pH8.0,高压灭菌。高压灭菌条件为1.034×105Pa,20min。 

STE缓冲液:0.1M NaCl,10mM Tris·Cl,1mMEDTApH8.0,高压灭菌。 

50X TAE缓冲液:Tris碱242g,冰乙酸57.1ml,0.5MEDTA(pH8.0)100ml,加水至1L。 

5×TBE缓冲液:Tris碱54g,硼酸27.5g,0.5M EDTA(pH8.0)20ml,加水至1L。 

质粒DNA提取溶液I:50mM葡萄糖,2.5mM Tris·Cl(pH8.0),10mM EDTA(pH8.0),高压灭菌10磅15min,贮存于4℃。 

质粒DNA提取溶液II:0.2M NaOH,1%SDS,现配现用。 

质粒DNA提取溶液III:5M乙酸钾溶液60ml,冰乙酸11.5ml,灭菌水28.5ml。 

IPTG溶液:IPTG 1g溶解于50ml双蒸水中,过滤除菌,分装贮存于-20℃。 

1M Tris·Cl:121.14g Tris碱溶于800ml双蒸水中,用盐酸调pH值至8.0,定容至1000ml, 高压灭菌。 

0.5M EDTA:EDTA 186.1g溶于800ml双蒸水中,用NaOH调pH值至8.0,定容至1000ml,高压灭菌。 

3M NaAc(pH7.0):NaAc·3H2O 408.1g溶于800ml双蒸水中,用冰乙酸调pH至7.0,定容至1000ml,高压灭菌。 

3M NaAc(pH5.2):NaAc·3H2O 408.1g溶于800ml双蒸水中,用冰乙酸调pH至5.2,定容至1000ml,高压灭菌。 

1M CaCl2:CaCl2·6H2O 27g加水至100ml,过滤灭菌,贮存于-20℃。 

10%SDS:SDS 100g溶于900ml双蒸水中,加热至68℃助溶,用HCl调pH值至7.2,定容至1000ml。 

RNaseA溶液:100mg/ml溶于10mM Tris·Cl(pH7.5),15mM NaCl中100℃煮沸10min,室温冷却后,贮存于-20℃。 

血液DNA提取液:10mM Tris·Cl(pH8.0),0.1M EDTA(pH8.0),20μg/ml胰RNA酶,0.5%SDS。 

组织DNA提取液: 

2.4胶回收方法 

1)将单一的DNA条带从琼脂糖凝胶中切下(尽量切除多余部分)放入灭菌的小离心管中,称取重量。 

2)向胶块中加入3倍体积溶胶液PN(如果凝胶重为0.1g,其体积可视为100μL,则加入300μL溶胶液),55℃水浴放置10分钟,每两分钟摇动一下离心管,以确保胶块充分溶解。4)胶块完全熔解后,将降至室温的胶溶液(吸附柱在较高温度时结合DNA的能力较弱)移入一个吸附柱CA2(吸附柱放入收集管中),3000rpm离心30sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放入收集管中。如果是少而贵重的物品,可将收集管中的液体重新吸到吸附柱中离心,以提高回收效率。 

3)向吸附柱中加入500μL漂洗液PW(按要求使用前加入无水乙醇),8000rpm离心30sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放入收集管中。重复步骤此步骤一次以提高回收效率。 

4)将收集管中的废液倒掉,10000rpm离心1min尽量除去漂洗液。将吸附柱置于室温彻底晾干,以防止残留的漂洗液影响回收率和DNA的质量。 

5)将吸附柱放到一灭菌的离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加适量65~70℃水浴预热的30μL洗脱缓冲液EB,室温放置2分钟。10000rpm离心1min收集DNA溶液。 

2.5克隆测序流程 

A、连接反应 

1)将纯化回收产物用pGEM-T Easy(promega)载体4℃连接24h,连接体系如下: 

2×快速连接反应缓冲液       5ul; 

pGEM-T Easy载体(50ng/ul)    0.5ul; 

回收产物                    3ul; 

T4连接酶                    0.5ul; 

去离子水                    1ul 

                                   

总体积                      10ul 

B、转化过程 

取5ul连接产物转化到DH5α感受态细胞(天根公司),具体操作如下(冰上操作): 

①取一管(100ul)DH5α感受态细胞,冰水浴溶解后取50ul,加入1.5ml离心管中,在加入5ul连接产物,用移液枪头轻轻吹打几下混匀,冰水浴30分钟; 

②将混合液42℃热激90秒(此过程需要严格操作,不要摇动离心管),迅速冰水浴15分钟; 

③再向离心管中加950ulLB液体基(不含氨苄青霉素),混匀后转入10ml的灭菌玻璃小试管中,于37℃摇床上培养45分钟(150转/分钟),复苏菌液; 

④将培养液再转入1.5ml离心管中,8000转/分钟离心30秒; 

⑤弃上清,余留200ul,并用移液枪头吹打混匀菌液; 

⑥取100ul菌液,用三角玻璃棒涂布于已经制好的固体培养基上(含有100mg/ml的氨苄青霉素钠、20mg/ml X-GAL和24mg/ml I100mg/ml PTG),37℃培养箱中培养12到16小时。 

⑦通过蓝白斑筛选,灭菌牙签挑选白色的阳性克隆,在新的固体培养基上划线,进行二次扩大培养,于37℃培养箱中培养8小时即可。同时挑选一个蓝斑进行培养作对照。用灭菌牙签挑取二次培养过的白色单菌落,分别接种于装有5mlLB液体培养基的灭菌玻璃试管中,含有60ug/ml的氨苄青霉素,37℃剧烈振荡培养过夜(12~16小时)。 

C、质粒DNA的提取 

使用质粒小提试剂盒(天根)提取菌液的质粒DNA,具体步骤如下: 

①将菌液离心,聚集沉淀,13000转/分钟离心30秒, 

②②向沉淀中加入250ulP1溶液,用移液枪头轻轻吹打,使沉淀重悬于液体之中; 

③③再液体中加入250ulP2溶液,上下温和旋转离心管6到10次,裂解菌液; 

④④再液体中加入350ulP3溶液,立即混匀,上下翻转离心管6到10次; 

⑤⑤12000转/分钟离心1分钟,为了沉淀完全,可以进行二次离心。 

⑥⑥向CB3柱子中加入500ul的平衡液BL,12000转/分钟离心1分钟,待用。 

⑦⑦将(5)中上层清液转入处理好的CB3柱子中,静置2分钟,12000转/分钟离心50秒; 

⑧⑧向CB3柱子中加入700ul的PW,12000转/分钟离心50秒; 

⑨⑨向CB3柱子中加入500ul的PW,12000转/分钟离心50秒; 

⑩⑩向CB3柱子的底膜中央加60ulEB洗脱液,静置2分钟,12000转/分钟离心2分钟,-20℃保存。 

D、质粒DNA的酶切鉴定 

取10ul质粒DNA进行双酶切鉴定,方法如下: 

①酶切体系如下: 

质粒DNA       10ul 

10×Buffer    2ul 

EcoR I        1ul 

DEPC水        7ul 

                       

共计          20ul 

②混合均匀,旋混几秒钟; 

③37℃水浴2个小时。 

④取5ul产物在1.5%的琼脂糖凝胶上进行电泳检测。 

2.6用TRIZOL试剂盒提取总RNA 

1)匀浆 

在1ml的TRIZOL试剂中加50-100mg组织,样本体积不应超过TRIZOL的10%。用匀浆机高速匀浆2分钟。 

2)(可选) 

要分离蛋白、脂肪、多糖或细胞外物质如肌肉、脂肪组织,在匀浆后2-8℃12000g离心10分钟。将上清匀转移至一新的Eppendof管。 

3)分相 

15-30℃温育5分钟,完全解离核蛋白复合体。加0.2ml氯仿,用力摇动15秒,15-30℃放置2-3分钟。小于12000g 2-8℃离心15分钟。 

4)RNA的沉淀 

转移水相于一新管。加0.5ml异丙醇,混匀,室温放置10分钟。4-8℃12000g离心10分钟(离心前RNA通常不可见,在管壁或管底形成胶样沉淀)。 

5)RNA沉淀的洗涤 

弃上清,每1ml TRIZOL至少加1ml 75%的乙醇洗涤RNA一次。2-8℃小于7500g离心5分钟。 

6)RNA的重溶 

倒掉乙醇,空气中干燥或真空干燥5-10分钟。加适当的DEPC处理水,吸打几次,放于55-60℃溶解10分钟。-70℃保存。 

7)RNA变性电泳 

在一灭菌微量离心管中混合下列液体,以制备RNA样品。 

混匀后,65℃温育15min,取出置冰上。 

加入RNA上样缓冲液,用1%的琼脂糖凝胶电泳,电泳buffer为1×TAE。 

2.7细胞总RNA中DNA的去除 

1)混合下列试剂以消化细胞总RNA中的DNA 

37℃温育30分钟 

2)加入等体积酚/氯仿,剧烈混合后置冰上10分钟。12000g 4℃离心5分钟。 

3)移上清于一新管,加5μl 3mol/L乙酸钠、200μl 100%乙醇,混匀,-70℃放置30分钟沉淀RNA。 

4)4℃离心10分钟,弃上清。用500μl 70%的乙醇(DEPC水配制)洗涤沉淀。 

5)用20μl的DEPC水溶解RNA,取1μl RNA样品于1ml水中,用分光光度计测定A260的吸光值,准确定量RNA的浓度。 

6)3μg干净的RNA在6%的变性琼脂糖凝胶上进行电泳,检测RNA的完整性。其余RNA贮存于-80℃。 

2.8反转录 

1)取1μg不含DNA的RNA,用DEPC水稀释至0.1μg/μl,并置于冰浴。按下列方法建立RNA的反转录反应体系: 

2)65℃温浴5分钟使mRNA二级结构变性;37℃温浴10分钟使引物退火。每管加1μl100U/μl MMLV反转录酶。迅速混匀,37℃继续温育50分钟。75℃温育5分钟灭活反转录酶,离心收集液滴。将反应管置于冰上,立即用于PCR扩增,或贮存于-20℃用于以后的实验。 

2.9.限制性酶切条件 

1)25μl PCR反应体系:2.5μl 10×Taq DNA聚合酶缓冲液(500mmol/L KCl,100mmol/LTris·Cl,15mmol/L MgCl2,0.01%明胶),2μl dNTPs(2.5mmol/L for each),引物终浓度0.5μmol/L,1U Taq DNA聚合酶,模板DNA 50-100ng。终体积25μl。 

2)PCR反应条件:94℃5min,然后94℃30S,58℃30S,72℃40S,35个循环,最后72℃7min,4℃长时间保存。 

3)酶切条件:37℃恒温水浴12小时左右,酶切产物采用2.5%琼脂糖电泳检测。酶切体系如下: 

MSPI酶(10U/UL)1UL 

BUFFER        1UL 

超纯水     8UL 

PCR产物    2.5UL 

                      

合计       12.5UL 

3、采用PCR-RFLP检测G444A的多态 

软件预测显示,编码序列G444A变异可引起MspI酶切位点的改变,故针对该变异位点设计引物从基因组水平进行变异在固始鸡资源群的分布检测。检测编码区G444A变异设计引物扩增的序列如SEQ ID No.3所示。 

4.基因型和屠体性状的相关性分析 

方差分析表明(表2),鸡Lpin2基因不同基因型对一些生长及屠体性状有显著效应。对体重和体尺的效应达到显著水平中,AA基因型的2、4、6周体重及4周胸深、4周胸骨长、4周体斜长、4周盆骨宽和8周盆骨宽最大,GG基因型的最小。此外,对肉鸡小肠长度的影响也达到显著水平。显示LPIN2基因对生长相关性状有重要的效应,有望用于鸡的标记辅助选择。 

表2G444A变异与资源群性状的关联分析 

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