一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法

摘要

本发明提供了一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法，以rpoB基因作为梭杆菌的检测和分类鉴定靶标，其包括如下步骤：对样本的基因进行扩增；对扩增子进行高通量测序和比对分析序列，所得数据按100％一致性建立OTU；将上述OTU序列与梭杆菌全基因组中的特征序列片段所对应的序列比对，剔除无相似性的非特异OTU序列后，共同建立进化树，按进化关系注释各OTU对应的菌种，实现样本中梭杆菌群体的分类鉴定，以及不同菌种的丰度定量。本发明结合高通量测序技术，对特异性引物扩增后所得的扩增子序列进行测定，通过构建进化树的方法对样本中的梭杆菌菌种甚至亚种进行鉴别，有助于揭示微生态样本中梭杆菌属的菌种水平结构组成。