综合应用第三代超长测序读段和第二代链接式读段从头组装基因组的方法

摘要

本发明公开了一种综合应用第三代超长测序读段(Ultra‑long reads)和第二代链接式读段(Linked‑reads)高效率、高质量从头组装(de Novo)基因组的方法。其中第三代超长测序读段是指通过目前应用最为广泛的第三代测序技术Nanopore和PacBio产生的超长测序读段；第二代链接式读段是指10x Genomics测序平台产生的测序读段，通过高效率的混合组装软件组装出高质量基因组序列。该方法充分发挥了第三代超长测序读段和第二代链接式读段的优势，综合二者之长，结合高效率的组装软件——DBG2OLC和SPARC大幅度降低了第三代测序技术的应用成本。为应用第三代测序技术进行大规模、高质量的基因组从头组装提供了一种高效、可靠、经济的方法。