一种预测药物-靶标结合强度的绝对自由能微扰方法

摘要

本发明提供一种预测药物‑靶标结合强度的绝对自由能微扰方法，包括：构建Lig体系以及Rec‑Lig体系；对Lig体系及Rec‑Lig体系的各个状态的参数进行分子动力学模拟，得到每个状态的分子动力学轨迹；通过相邻状态的力场文件进行单点能计算，得到每个相邻状态之间的势能差；对每个相邻状态之间的势能差进行概率分布统计，利用多个高斯函数的线性组合进行拟合；根据拟合后的概率分布，重新生成每一状态的势能差，通过计算得到药物与靶标的结合自由能。本发明提供的绝对自由能微扰方法，将所有自由能微扰中间状态的动力学模拟轨迹所对应的概率分布利用高斯函数进行拟合，使得采样的概率分布更加合理，大幅提升了能量计算结果的收敛性及准确性。