一种基于二代测序数据分析对宏基因组中的沙门氏菌进行鉴定及分型的方法

摘要

本发明涉及一种基于二代测序数据分析对宏基因组中的沙门氏菌进行鉴定及分型的方法，首先构建了沙门氏菌的参考序列以及沙门氏菌的基因组池，在对检测样本中的沙门氏菌进行鉴定及分型时，将检测样本的二代测序数据与沙门氏菌的参考序列进行比对，筛除非沙门氏菌的短读长序列，得到过滤后的短读长序列；再将该过滤后的短读长序列与基因组池中的所有沙门氏菌的基因组序列进行比对，并进行优化处理，得到优化结果用以确定沙门氏菌及其类型。该方法具有检测快速而精确的优点。