СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ УЧАСТКОВ СВЯЗЫВАНИЯ БЕЛКОВ-РЕГУЛЯТОРОВ ТРАНСКРИПЦИИ В РАННЕМ РАЗВИТИИ DrosopMla melanogaster, ОПРЕДЕЛЕННЫХ МЕТОДОМ СЫР-сЫр,

摘要

Для шести белков-регуляторов транскрипции раннего эмбрионального развития Drosophila melanogaster рассмотрены сегменты ДНК, в которых было отмечено значимое связывание этих белков методом иммунопреципитации хроматина с последующим осаждением на матрице (СЫР-chip). В этих участках рассмотрены районы повышенной плотности теоретически предсказанных сайтов связывания этих белков ДНК. Такое сопоставление экспериментальных и теоретических данных проведено для всевозможных попарных комбинаций упомянутых факторов. Показано, что в хромосоме 2R интенсивность данных, полученных методом СЫР-сЫр, достоверно различается вне и внутри идентифицированных кластеров. Сравнение экспериментальных данныхво всевозможных попарных комбинациях факторов показало, что несмотря на сложности, связанные с большим шумом в сигнале ChlP-chip, во многих случаях удается выявить сильную тенденцию определенных групп факторов к связыванию в одних и тех же областях ДНК, что хорошо согласуется с данными об их функциональной связи. Таким образом, сравнение данных ChlP-chip с анализом последовательностей может позволить выделять функционально связанные регуляторные подсистемы даже в случае существенно менее изученных систем, чем система раннего эмбрионального развития D.melanogaster.