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一种跨转录因子的转录因子结合位点预测算法及装置

摘要

本发明提供了一种跨转录因子的转录因子结合位点预测算法及装置,所述方法包括如下步骤:步骤1:预测所有转录因子中能够与DNA结合的氨基酸,称为DNA结合位点,预测的DNA结合位点主要用于衡量不同转录因子的标注数据在目标转录因子模型训练过程中的贡献;步骤2:从由预测的DNA结合位点组成的序列中学习转录因子的表示向量;步骤3:从DNA片段的组蛋白修饰特征中学习DNA片段的高阶依存关系;步骤4:从DNA片段的序列特征中学习DNA片段的低阶依存关系;步骤5:将学习的转录因子向量表示、DNA片段的高阶依存关系和低阶依存关系拼接成特征向量并输入多层感知器中对目标DNA片段分类,判定其是否为目标转录因子的结合位点。

著录项

  • 公开/公告号CN110335639B

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2021-10-29

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 哈尔滨工业大学(深圳);

    申请/专利号CN201910511069.3

  • 发明设计人 徐睿峰;周继云;杜嘉晨;陆勤;

    申请日2019-06-13

  • 分类号G16B20/30(20190101);

  • 代理机构44451 深圳市添源知识产权代理事务所(普通合伙);

  • 代理人黎健任

  • 地址 518000 广东省深圳市南山区桃源街道深圳大学城哈尔滨工业大学校区

  • 入库时间 2022-08-23 12:41:55

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