土壌中の遺伝子、遺伝子情報…何ができるのか，何がわかるのか: 7．土壌微生物の群集構造解析（その3）MERFLP法とT－RFLP法，原理と適用

摘要

今回の微生物群集構造解析法も，前回までの方法と同じく環境中から抽出した微生物由来の核酸をポリメラーゼチェーンリアクション（PCR）で増幅し，これを解析する原理からなる．前回紹介されたDGGE法では増幅された異なる配列の遺伝子を変性剤勾配で分離しているが，今回紹介する方法では制限酵素切断部位の違いを利用して電気泳動により分離する．遺伝子長が長くなり制限酵素切断部位が増えれば，制限酵素で切断したDNA断片長のパターンから系統関係が推定できるとするNeiとLiの数学モデルを基本原理としている．短い塩基配列のPCR増幅産物の系統解析精度をあげるために，用いる制限酵素の種類を増やすのが複数制限酵素切断長多型解析法（MER－FLP法）で，環境試料から増幅した複数の遺伝子の解析法として1997年に公表されたのが末端制限酵素切断長多型解析法（T-RFLP法）で，DGGE法やTGGE法より多様な微生物群集を解析できる．