Schon 450 v. Chr. wurde die Verwendung von Naturstoffextrakten, zum Beispiel Tierblut, als Komplexbildner dokumentiert. Diesbach und Dippel entdeckten 1704 das Berliner Blau. Doch erst durch die Erkenntnisse von Alfred Werner etablierte sich zum Ende des 19. Jahrhunderts die Koordinationschemie als eigenstandige Wissenschaft. Seit 1950 gingen aus der Koordinationschemie neue rasch expandierende Forschungsrichtungen wie zum Beispiel die metallorganische Chemie oder die bioanorganische Chemie hervor.
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