高性能マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間質量分析計を利用したペプチドマスフィンガープリント法によるタンパク質解析能力の検討

摘要

本稿では，高性能MALDI-TOF質量分析計を利用した，PMF法によるタンパク質同定能力の検討結果について述べた．質量分解能の向上による正確なマススペクトルからの情報の読み取り，あるいは質量精度の向上による偶然誤差の低減が，陽性と擬陽性の区別に効果的であることを示した．データベースと質量分析法を利用したタンパク質の同定では，サンプルの処理法，質量分析計の性能，データベース検索アルゴリズムの特徴だけではなく，それらの使用条件も最終的な同定結果に影響を与える．統計的な有意さの高いタンパク質が陽性である可能性はもちろん高いが，単純に1位のスコアのタンパク質のみを陽性とすることは危険である．より確度の高い結果を得るためには，データベース検索結果により示されるさまざまな情報から陽性と擬陽性の区別を行うことが重要である．