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myPhyloDB: a local web server for the storage and analysis of metagenomic data

机译:myPhyloDB:用于存储和分析宏基因组数据的本地Web服务器

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摘要

myPhyloDB v.1.1.2 is a user-friendly personal database with a browser-interface designed to facilitate the storage, processing, analysis, and distribution of microbial community populations (e.g. 16S metagenomics data). MyPhyloDB archives raw sequencing files, and allows for easy selection of project(s)/sample(s) of any combination from all available data in the database. The data processing capabilities of myPhyloDB are also flexible enough to allow the upload and storage of pre-processed data, or use the built-in Mothur pipeline to automate the processing of raw sequencing data. myPhyloDB provides several analytical (e.g. analysis of covariance, t-tests, linear regression, differential abundance (DESeq2), and principal coordinates analysis (PCoA)) and normalization (rarefaction, DESeq2, and proportion) tools for the comparative analysis of taxonomic abundance, species richness and species diversity for projects of various types (e.g. human-associated, human gut microbiome, air, soil, and water) for any taxonomic level(s) desired. Finally, since myPhyloDB is a local web-server, users can quickly distribute data between colleagues and end-users by simply granting others access to their personal myPhyloDB database. myPhyloDB is available at and more information along with tutorials can be found on our website .>Database URL:
机译:myPhyloDB v.1.1.2是一个用户友好型个人数据库,具有浏览器界面,旨在促进微生物群落种群(例如16S宏基因组学数据)的存储,处理,分析和分布。 MyPhyloDB存档原始测序文件,并允许轻松地从数据库中的所有可用数据中选择任何组合的项目/样本。 myPhyloDB的数据处理功能也足够灵活,可以上传和存储预处理的数据,或者使用内置的Mothur管道自动处理原始测序数据。 myPhyloDB提供了几种分析工具(例如协方差分析,t检验,线性回归,微分丰度(DESeq2)和主坐标分析(PCoA))和归一化(反折射,DESeq2和比例)工具,用于对分类学丰度进行比较分析,各种类型的项目(例如人类相关,人类肠道微生物组,空气,土壤和水)的物种丰富度和物种多样性,可满足任何所需的分类标准。最后,由于myPhyloDB是本地Web服务器,因此用户只需授予其他人对其个人myPhyloDB数据库的访问权限,便可以在同事和最终用户之间快速分发数据。可从以下网站获取myPhyloDB的信息,并在我们的网站上找到更多信息和教程。>数据库URL:

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