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Source Code for Biology Medicine

Source Code for Biology Medicine

中文名称：生物医学源代码

ISSN：1751-0473
出版周期：-

发文量：153

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1.SOV_refine:?A further refined definition of segment overlap score and its significance for protein structure similarity

机译：SOV_refine :?片段重叠分数的进一步细化定义及其对蛋白质结构相似性的意义
- 作者：Tong Liu;Zheng Wang
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2018年第1期
2.eUTOPIA: solUTion for Omics data PreprocessIng and Analysis

机译：eUTOPIA：Omics数据预处理和分析解决方案
- 作者：Veer Singh Marwah;Giovanni Scala;Pia Anneli Sofia Kinaret;Angela Serra;Harri Alenius;Vittorio Fortino;Dario Greco
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2019年第1期
- Transcriptomics analysisMicroarrayGene expressionR shiny;
3.A methodology for projecting hospital bed need: a Michigan case study

机译：预测医院病床需求的方法：密歇根州案例研究
- 作者：Shaun A Langley;Steven P Fuller;Joseph P Messina;Ashton M Shortridge;Sue C Grady
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2010年第3期
4.ParaHaplo 2.0: a program package for haplotype-estimation and haplotype-based whole-genome association study using parallel computing

机译：ParaHaplo 2.0：使用并行计算进行单倍型估计和基于单倍型的全基因组关联研究的程序包
- 作者：Kazuharu Misawa;Naoyuki Kamatani
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2010年第3期
5.Creating web applications for spatial epidemiological analysis and mapping in R using Rwui

机译：使用Rwui为R中的空间流行病学分析和制图创建Web应用程序
- 作者：Richard Newton;Andrew Deonarine;Lorenz Wernisch
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
6.CONTIGuator: a bacterial genomes finishing tool for structural insights on draft genomes

机译：CONTIGuator：一种细菌基因组整理工具，用于对草稿基因组进行结构分析
- 作者：Marco Galardini;Emanuele G Biondi;Marco Bazzicalupo;Alessio Mengoni
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
7.A proof of the DBRF-MEGN method, an algorithm for deducing minimum equivalent gene networks

机译：DBRF-MEGN方法的证明，一种推导最小等效基因网络的算法
- 作者：Koji Kyoda;Kotaro Baba;Hiroaki Kitano;Shuichi Onami
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
8.Nephele: genotyping via complete composition vectors and MapReduce

机译：Nephele：通过完整的合成载体和MapReduce进行基因分型
- 作者：Marc E Colosimo;Matthew W Peterson;Scott Mardis;Lynette Hirschman
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
9.ParaHaplo 3.0: A program package for imputation and a haplotype-based whole-genome association study using hybrid parallel computing

机译：ParaHaplo 3.0：使用混合并行计算进行插补和基于单体型的全基因组关联研究的程序包
- 作者：Kazuharu Misawa;Naoyuki Kamatani
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
10.Parallel biocomputing

机译：并行生物计算
- 作者：Kenneth S Kompass;Thomas J Hoffmann;John S Witte
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
11.Genes2WordCloud: a quick way to identify biological themes from gene lists and free text

机译：Genes2WordCloud：从基因列表和自由文本中识别生物主题的快速方法
- 作者：Caroline Baroukh;Sherry L Jenkins;Ruth Dannenfelser;Avi Maayan
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
12.WebGimm: An integrated web-based platform for cluster analysis, functional analysis, and interactive visualization of results

机译：WebGimm：基于网络的集成平台，可进行聚类分析，功能分析和结果的交互式可视化
- 作者：Vineet K Joshi;Johannes M Freudenberg;Zhen Hu;Mario Medvedovic
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
13.SAMMate: a GUI tool for processing short read alignments in SAM/BAM format

机译：SAMMate：用于处理SAM / BAM格式的短读比对的GUI工具
- 作者：Guorong Xu;Nan Deng;Zhiyu Zhao;Thair Judeh;Erik Flemington;Dongxiao Zhu
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
14.WordCloud: a Cytoscape plugin to create a visual semantic summary of networks

机译：WordCloud：一个Cytoscape插件，用于创建网络的视觉语义摘要
- 作者：Layla Oesper;Daniele Merico;Ruth Isserlin;Gary D Bader
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
15.LimsPortal and BonsaiLIMS: development of a lab information management system for translational medicine

机译：LimsPortal和BonsaiLIMS：开发用于转化医学的实验室信息管理系统
- 作者：Timothy G Bath;Selcuk Bozdag;Vackar Afzal;Daniel Crowther
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
16.KBWS: an EMBOSS associated package for accessing bioinformatics web services

机译：KBWS：与EMBOSS相关的软件包，用于访问生物信息学Web服务
- 作者：Kazuki Oshita;Kazuharu Arakawa;Masaru Tomita
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
17.Tools for efficient epistasis detection in genome-wide association study

机译：全基因组关联研究中有效上位检测工具
- 作者：Xiang Zhang;Shunping Huang;Fei Zou;Wei Wang
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
18.Sig2BioPAX: Java tool for converting flat files to BioPAX Level 3 format

机译：Sig2BioPAX：Java工具，用于将平面文件转换为BioPAX 3级格式
- 作者：Ryan L Webb;Avi Maayan
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
19.SNIT: SNP identification for strain typing

机译：SNIT：用于菌株分型的SNP鉴定
- 作者：Ravi Vijaya Satya;Nela Zavaljevski;Jaques Reifman
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2011年第3期
20.JobCenter: an open source, cross-platform, and distributed job queue management system optimized for scalability and versatility

机译：JobCenter：开源，跨平台和分布式作业队列管理系统，针对可伸缩性和多功能性进行了优化
- 作者：Daniel Jaschob;Michael Riffle
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
21.Automatic Fortran to C++ conversion with FABLE

机译：使用FABLE自动将Fortran转换为C ++
- 作者：Ralf W Grosse-Kunstleve;Thomas C Terwilliger;Nicholas K Sauter;Paul D Adams
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
22.PathNet: a tool for pathway analysis using topological information

机译：PathNet：使用拓扑信息进行路径分析的工具
- 作者：Bhaskar Dutta;Anders Wallqvist;Jaques Reifman
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
23.Changing computational research. The challenges ahead

机译：不断变化的计算研究。未来的挑战
- 作者：Cameron Neylon;Jan Aerts;C Titus Brown;Simon J Coles;Les Hatton;Daniel Lemire;K Jarrod Millman;Peter Murray-Rust;Fernando Perez;Neil Saunders0;Nigam Shah;Arfon Smith;Ga?l Varoquaux;Egon Willighagen
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
24.Layout-aware text extraction from full-text PDF of scientific articles

机译：从科学文章的全文PDF中提取可识别布局的文本
- 作者：Cartic Ramakrishnan;Abhishek Patnia;Eduard Hovy;Gully APC Burns
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
25.Bio-samtools: Ruby bindings for SAMtools, a library for accessing BAM files containing high-throughput sequence alignments

机译：Bio-samtools：SAMtools的Ruby绑定，一个用于访问包含高通量序列比对的BAM文件的库
- 作者：Ricardo H Ramirez-Gonzalez;Raoul Bonnal;Mario Caccamo;Daniel MacLean
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
26.How Not to Be a Bioinformatician

机译：如何不成为生物信息学家
- 作者：Manuel Corpas;Segun Fatumo;Reinhard Schneider
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
27.RMol: a toolset for transforming SD/Molfile structure information into R objects

机译：RMol：将SD / Molfile结构信息转换为R对象的工具集
- 作者：Martin Grabner;Kurt Varmuza;Matthias Dehmer
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
28.CADLIVE optimizer: web-based parameter estimation for dynamic models

机译：CADLIVE优化器：基于Web的动态模型参数估计
- 作者：Kentaro Inoue;Kazuhiro Maeda;Yuki Kato;Shinpei Tonami;Shogo Takagi;Hiroyuki Kurata
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
29.MALINA: a web service for visual analytics of human gut microbiota whole-genome metagenomic reads

机译：MALINA：一项用于人类肠道菌群全基因组宏基因组学读物视觉分析的Web服务
- 作者：Alexander V Tyakht;Anna S Popenko;Maxim S Belenikin;Ilya A Altukhov;Alexander V Pavlenko;Elena S Kostryukova;Oksana V Selezneva;Andrei K Larin;Irina Y Karpova;Dmitry G Alexeev
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
30.Scaffolder - software for manual genome scaffolding

机译：支架-用于手动基因组支架的软件
- 作者：Michael D Barton;Hazel A Barton
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
31.A CellML simulation compiler and code generator using ODE solving schemes

机译：使用ODE解决方案的CellML仿真编译器和代码生成器
- 作者：Florencio Rusty Punzalan;Yoshiharu Yamashita;Naoki Soejima;Masanari Kawabata;Takao Shimayoshi;Hiroaki Kuwabara;Yoshitoshi Kunieda;Akira Amano
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
32.Yabi: An online research environment for grid, high performance and cloud computing

机译：Yabi：用于网格，高性能和云计算的在线研究环境
- 作者：Adam A Hunter;Andrew B Macgregor;Tamas O Szabo;Crispin A Wellington;Matthew I Bellgard
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2012年第3期
33.SVAw - a web-based application tool for automated surrogate variable analysis of gene expression studies

机译：SVAw-基于网络的应用工具，用于基因表达研究的自动替代变量分析
- 作者：Mehdi Pirooznia;Fayaz Seifuddin;Fernando S Goes;Jeffrey T Leek;Peter P Zandi
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
34.GenePattern flow cytometry suite

机译：GenePattern流式细胞仪套件
- 作者：Josef Spidlen;Aaron Barsky;Karin Breuer;Peter Carr;Marc-Danie Nazaire;Barbara Allen Hill;Yu Qian;Ted Liefeld;Michael Reich;Jill P Mesirov;Peter Wilkinson;Richard H Scheuermann;Rafick-Pierre Sekaly;Ryan R Brinkman
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
35.The non-negative matrix factorization toolbox for biological data mining

机译：用于生物数据挖掘的非负矩阵分解工具箱
- 作者：Yifeng Li;Alioune Ngom
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
36.GEMBASSY: an EMBOSS associated software package for comprehensive genome analyses

机译：GEMBASSY：与EMBOSS相关的软件包，用于全面的基因组分析
- 作者：Hidetoshi Itaya;Kazuki Oshita;Kazuharu Arakawa;Masaru Tomita
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
37.EEGgui: a program used to detect electroencephalogram anomalies after traumatic brain injury

机译：EEGgui：用于检测脑外伤后脑电图异常的程序
- 作者：Justin Sick;Eric Bray;Amade Bregy;W Dalton Dietrich;Helen M Bramlett;Thomas Sick
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
38.Git can facilitate greater reproducibility and increased transparency in science

机译：Git可以促进更高的可重复性和科学透明度
- 作者：Karthik Ram
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
39.Dispelling myths about rare disease registry system development

机译：消除有关罕见病登记系统开发的神话
- 作者：Matthew Bellgard;Christophe Beroud;Kay Parkinson;Tess Harris;Segolene Ayme;Gareth Baynam;Tarun Weeramanthri0;Hugh Dawkins0;Adam Hunter
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
40.MIA - A free and open source software for gray scale medical image analysis

机译：MIA-用于灰度医学图像分析的免费开源软件
- 作者：Gert Wollny;Peter Kellman;María-Jesus Ledesma-Carbayo;Matthew M Skinner;Jean-Jaques Hublin;Thomas Hierl
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
41.MEGADOCK 3.0: a high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments

机译：MEGADOCK 3.0：高性能的蛋白质-蛋白质相互作用预测软件，在petascale超级计算环境中使用混合并行计算
- 作者：Yuri Matsuzaki;Nobuyuki Uchikoga;Masahito Ohue;Takehiro Shimoda;Toshiyuki Sato;Takashi Ishida;Yutaka Akiyama
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
42.CrypticIBDcheck: an R package for checking cryptic relatedness in nominally unrelated individuals

机译：CrypticIBDcheck：R包，用于检查名义上不相关的个人中的隐秘关联性
- 作者：Annick Nembot-Simo;Jinko Graham;Brad McNeney
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
43.BioPatRec: A modular research platform for the control of artificial limbs based on pattern recognition algorithms

机译：BioPatRec：基于模式识别算法的用于控制假肢的模块化研究平台
- 作者：Max Ortiz-Catalan;Rickard Br?nemark;Bo H?kansson
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
44.Implementing a new EPR lineshape parameter for organic radicals in carbonaceous matter

机译：为碳质物质中的有机自由基实施新的EPR线形参数
- 作者：Mathilde Bourbin;Yann Le Du;Laurent Binet;Didier Gourier
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
45.Inmembrane, a bioinformatic workflow for annotation of bacterial cell-surface proteomes

机译：Inmembrane，用于注释细菌细胞表面蛋白质组的生物信息学工作流程
- 作者：Andrew J Perry;Bosco K Ho
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
46.CellSegm - a MATLAB toolbox for high-throughput 3D cell segmentation

机译：CellSegm-用于高通量3D细胞分割的MATLAB工具箱
- 作者：Erlend Hodneland;Tanja K?gel;Dominik Michael Frei;Hans-Hermann Gerdes;Arvid Lundervold
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
47.BlaSTorage: a fast package to parse, manage and store BLAST results

机译：BlaSTorage：用于分析，管理和存储BLAST结果的快速软件包
- 作者：Massimiliano Orsini;Simone Carcangiu
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
48.Knowledge Driven Variable Selection (KDVS) – a new approach to enrichment analysis of gene signatures obtained from high–throughput data

机译：知识驱动变量选择（KDVS）–一种从高通量数据中获得的丰富基因签名分析的新方法
- 作者：Grzegorz Zycinski;Annalisa Barla;Margherita Squillario;Tiziana Sanavia;Barbara Di Camillo;Alessandro Verri
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
49.FCC – An automated rule-based processing tool for life science data

机译：FCC –用于生命科学数据的基于规则的自动化处理工具
- 作者：Simon Barkow-Oesterreicher;Can Türker;Christian Panse
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
50.RECOT: a tool for the coordinate transformation of next-generation sequencing reads for comparative genomics and transcriptomics

机译：RECOT：用于比较测序和转录组学的下一代测序读段的坐标转换的工具
- 作者：Akiko Izawa;Jun Sese
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
51.Crowdsourcing the Corpasome

机译：将尸体众包
- 作者：Manuel Corpas
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
52.[COMMODE] a large-scale database of molecular descriptors using compounds from PubChem

机译：[COMMODE]使用PubChem的化合物建立的大规模分子描述符数据库
- 作者：Andreas Dander;Laurin AJ Mueller;Ralf Gallasch;Stephan Pabinger;Frank Emmert-Streib;Armin Graber;Matthias Dehmer
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2013年第3期
53.2DKD: a toolkit for content-based local image search

机译：2DKD：基于内容的本地图像搜索的工具包
- 作者：Julian S. DeVille;Daisuke Kihara;Atilla Sit
- 期刊名称：《Source Code for Biology Medicine》 | 2020年第1期
- Local descriptorsLocal image retrievalShape matchingSubimage searchKrawtchouk polynomialsCryo-electron microscopyDigital pathology;

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