基于mRNA和miRNA芯片探索影响结直肠癌肝转移的靶基因

摘要

目的 筛选与结直肠癌(CRC)肝转移相关的靶基因.方法 从Gene Expressed Omnibus(GEO)数据库下载mRNA和miRNA的表达谱(GSE30687和GSE44121).通过limma函数包分析得出差异表达mRNA和差异表达miRNA.基于DAVID在线工具进行差异表达mRNA的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.利用TargetScan筛选由差异表达miRNA调节的靶基因,并构建miRNA-mRNA调节网络.结果 与原发性CRC样品相比,在具有肝转移的CRC样品中筛选出180个差异表达mRNAs,其中116个表达下调,64个表达上调,另外筛选出15个差异表达miRNAs,表达上调的有6个,表达下调的有9个.差异表达mRNAs富集于32个GO terms中,如阴离子运输、细胞的顶端部分、脱氧核糖核酸酶活性等.另外,这些差异表达mRNAs主要富集在包括类固醇生物合成和霍乱弧菌感染在内的2条通路中.miRNA-mRNA调控网络包括50个miRNA-mRNA关系对,其中具有较高节点度的基因为纤连蛋白1(FN1)和骨髓嗜病毒整合位点1(MEIS1).结论 FN1和MEIS1基因可能是大肠癌肝转移的潜在生物标志物.