大仓鼠携带汉坦病毒全S、部分M核苷酸序列特征分析

摘要

目的 测定从仓鼠亚科宿主动物大仓鼠肺中分离到的汉坦病毒的全S、部分M基因片段的核酸序列,明确其型别.方法 RT-PCR方法扩增,连接入PMD-18T载体,转化至JM109宿主菌.阳性质粒进行测序分析.结果 YU62株S基因全长1701nt,有一个完整的ORF,起始位置为37 nt,终止于1326 nt,编码N蛋白429个氨基酸.与HTN-A16株核苷酸、氨基酸同源性最高分别为99.1%,99.3%.M片段克隆出1272 bp,核苷酸与HTNSN7有85.6%的同源性.从S片段种系发生树分析来看,YU62归于HTN型H4亚型.从M片段(265-624 bp)种系发生树分析来看YU62株属于HTN的一个新亚型.结论 仓鼠携带的汉坦病毒S、M片段进化不平行,YU62可能是在大仓鼠体内发生重排的HTN的新亚型.