马铃薯StDRO2基因的生物信息学分析

摘要

[目的]根系构型对植物生长发育起到重要作用,DEEPER ROOTING 1(DRO1)基因参与调控植物根生长角度.但是马铃薯DRO1同源基因的生物学信息还不清楚.[方法]本研究利用生物信息学软件分析了马铃薯中StDRO2蛋白的理化性质、亚细胞定位、保守结构域、系统发育树及蛋白质结构.[结果]发现马铃薯StDRO2基因编码亲水性不稳定蛋白,定位在细胞核,氨基酸序列具有IGT基因家族典型结构域.蛋白质二级结构预测显示StDRO2蛋白质均具有无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链结构.通过实时定量PCR分析,马铃薯幼苗叶片中StDRO2的表达量显著高于根和茎杆.生长素处理后,根中StDRO2基因的表达量显著降低,说明该基因的表达受到生长素的负调控.[结论]StDRO2属于IGT基因家族中的一员,可能参与调控马铃薯根系构型.马铃薯StDRO2基因的生物信息学及表达水平检测为今后分析马铃薯根系发育提供了理论基础.