中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS 2序列特征分析

摘要

对中国、日本和澳大利亚的珍珠贝核糖体DNA第二内部转录间隔子(ITS 2)的序列特征进行了分析.PCR扩增产物包括5.8 S基因部分序列、ITS 2基因和28 S基因部分序列.去除引物序列后5.8 S基因片段长64bp,ITS 2长230～237 bp,28 S基因片段长249 bp.共分析了16个基因型的序列特征,结果表明,5.8 S和28 S基因片段高度保守,仅28 S有1个碱基位点突变;而ITS 2变异大,237个比对位点中有20个位点发生突变,其中12个位点为缺失/插入突变,4个简约信息位点.在碱基组成中,5.8 S和28 S的GC含量(58.1%～59.4%)高于AT含量,也高于ITS 2的GC含量(51.3%～52.0%),ITS 2的GC含量与AT含量相差不大.碱基组成中5.8 S的A碱基含量较低,28 S的T碱基含量较低,存在较大的碱基偏倚性.3个地理群体内和群体间的遗传距离都很小(0.010～0.013),且相互重叠.从基因型数据看,3个群体既有各自独立的基因型,也有共享基因型.但从序列的碱基变异数据看,3个群体没有各自独有的突变位点.上述结果表明,3个地理群体既具有丰富的遗传多样性,又具有高度的遗传一致性,即亲缘关系近,可能存在基因交流,或者分化时间不长.丰富的遗传多样性有利于合浦珠母贝的遗传选育.