斑节对虾基因组微卫星分离及其序列特征研究

摘要

采用(CA)12、(AG)12及(TA)16生物素标记探针及磁珠富集法构建了斑节对虾Penaeus monodon基因组微卫星富集文库.随机挑选254个克隆进行PCR筛选,得到51个候选克隆(20.1%).其中,32个克隆来源于CA-文库,另19个克隆来源于AG-文库.测序发现48个克隆含有微卫星重复单元,通过序列比对,最终获得40个具有特异微卫星序列的阳性克隆.微卫星(GA/CT)n及(CA/GT)n 2碱基重复序列分别占所有分离的微卫星数目的20.7%及60.4%.此外,还检测到其它多种微卫星重复类型,如(AT)n、(GC)n、(TGG)n、(AAG)n、(AAT)n、(GAA)n、(GTGC)n、(GCGT)n、(GGTTA)n、(GTGCGT)n,占检测到的微卫星数目的18.9%.获得的微卫星序列中属于完全型序列的有76条(68.5%),不完全型序列的有22条(19.8%),另有13条属于复合型序列(11.7%).微卫星(GT/CA)n 2碱基重复次数(3～52次)要远大于(GA/CT)n 2碱基次数(3～27次).获得的微卫星序列长度大小范围为129～601 bp,平均为286 bp.研究为进一步开展斑节对虾分子育种及资源评价分析提供了基础资料.