基于藏酋猴基因组重测序序列的微卫星分子标记的鉴定与开发

摘要

目的：基于重测序的基因组序列开发高质量的多态性微卫星标记,应用于藏酋猴种群遗传学研究. 方法：利用高通量测序平台获取藏酋猴重测序序列,经过初步组装,使用MSDB软件筛选微卫星位点.应用荧光标记和基因分型进一步开发具有多态性且在低质量样本中高度敏感且稳定的分子标记. 结果：经过组装后共获得31,994,325条序列,N50长度为4700bp,GC含量为41.5％.共获得完美型微卫星位点1,202,651个,四碱基微卫星共有217,630个,占比达到18.10％,其中侧翼序列大于200bp且核心重复类型次数大于10次的有9303个位点.基于9303个完美型四碱基微卫星数据库,随机选择50个位点进行验证,结果有27个位点的引物进行荧光标记,最终得到16个多态性的微卫星标记.其期望杂合度和观测杂合度分别为0.421～0.921和0.24～0.86.等位基因数目为5～18,平均为10.5.平均多态信息含量为0.755. 结论：明确了从基因组的短序列中开发核基因标记是一种可行且高效的方法.建立了藏酋猴四碱基微卫星分子标记数据库,并得到16个多态性的微卫星位点,为藏酋猴的遗传背景和群体遗传学研究提供了基础数据.