基于多样本高通量测序开发多态性微卫星分子标记的方法

摘要

本发明提供了基于多样本高通量测序开发多态性微卫星分子标记的方法，该方法首先获取待测物种多个样本基因组或转录组的高通量测序数据，从中筛选潜在可扩增微卫星位点，而后筛选其引物对在单个样本潜在可扩增微卫星位点所有测序reads中只出现1次的微卫星位点，再筛选那些在多个样本中有出现，且在所有样本中等位基因数目大于2的标记；最后通过建立参考序列数据库，筛选那些在参考基因组或转录组中只出现一次的标记，同时排除那些扩增同一个片段的重复标记。本发明能利用高通量测序数据有效筛选具有多态性的微卫星标记，能去除其中非特异性的、重复的标记，同时还能预测相应微卫星位点PCR扩增产物的长度，显著提升了微卫星分子标记开发的效率。