头颈部鳞癌中微RNA-202靶基因的预测及生物信息学方法分析

摘要

目的 采用生物信息学的方法预测头颈部鳞癌中微RNA(miR)-202的靶基因及相关功能,为后续研究提供理论基础.方法 使用BLAST分析miR-202序列保守性;下载GEO相关数据,构建头颈部鳞癌miRNA表达谱;利用miRanda、TargetScan7.2、miRDB和miRTarBase预测结果取交集为预测靶基因,进一步做GO分析和Pathway分析以及miRNA-mRNA网络调控图.结果 miR-202在多种物种间具有高度保守性,共获得43个靶基因,功能富集分析主要集中经典PID AP1通路、间质发展、组织形态发生和调节蛋白质的丝氨酸/苏氨酸激酶活性等生物学过程.miRNA-mRNA调控网络示miR-202与靶基因基质金属蛋白酶1(MMP1)、湿疹血小板减少伴免疫缺陷综合征样蛋白(WASL)、转化生长因子-β-Ⅲ型受体(TGFβ-R3)和白细胞介素6受体(IL6R)存在密切调控关系.结论 miR-202在头颈部鳞癌中可通过与MMP1、WASL、TGFβ-R3和IL6R结合发挥调控作用.