基于生物信息学方法对胰腺癌发生发展关键基因的筛选

摘要

目的采用生物信息学方法筛选胰腺癌发生发展的关键基因并进行验证。方法从基因表达数据库(GEO)中选择并下载胰腺癌及癌旁组织基因芯片GSE71989、GSE62165、GSE19650,通过GEO2R在线工具筛选基因芯片中胰腺癌与癌旁组织的差异表达基因,使用Venn图分析3个基因芯片共有的差异表达基因;使用STRING网站及Cytscape软件对差异表达基因进行蛋白—蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选出核心差异表达基因;将核心差异表达基因在基因表达谱数据动态分析网页工具(GEPIA)进行生存分析,筛选出与预后相关的差异表达基因;将与预后相关的差异表达基因用GEPIA网站进行表达量分析验证,筛选出胰腺癌发生发展的关键基因。结果从3个基因芯片中筛选出156个差异表达基因,其中上调差异表达基因62个,下调差异表达基因94个。对共3个基因芯片共有的差异表达基因进行STRING网站PPI绘制及Cytoscape软件核心网络分析后,筛选出19个核心差异表达基因。使用GEPIA在线网站对核心差异表达基因进行生存分析及表达验证,筛选出6个核心差异表达基因,即ANLN、CDK1、ECT2、NUSAP1、RRM2、TOP2A,这6个基因均与胰腺癌预后相关,且在胰腺癌组织中的表达均高于癌旁组织(P均<0.05)。结论使用生物信息学的方法发现6个基因可能是胰腺癌癌发生发展中的关键基因,可为胰腺癌的发生机制的研究以及诊断、治疗提供参考。