基于计算机分子模拟技术的PD-1单克隆抗体的抗原表位预测及初步验证

摘要

目的 利用计算机分子模拟技术对筛选获得的四株鼠源程序性细胞死亡受体1(PD-1)单克隆抗体的抗原表位进行预测并通过实验对预测结果进行初步验证.方法 通过Discovery Studio(DS)分子模拟工作站的Model Antibody模块分别构建四株PD-1抗体3D1、1C7、2F6、2E7的三维立体模型.利用DS软件中ZDOCK和RDOCK模块,将所得四株抗体模型分别与PD-1晶体模型(PDB ID:3RRQ)进行生物大分子模拟对接和结合表位分析,得到四株抗体的抗原表位预测结果,并通过Western blotting法对预测结果进行初步验证.结果 成功构建出PD-1抗体3D1、1C7、2F6、2E7的Fab区模型,并得到四株抗体与PD-1蛋白的结合构型及分别的抗原表位,其中抗体3D1、2F6主要识别PD-1蛋白表面线性表位,而抗体2E7、1C7则以识别PD-1蛋白表面立体表位为主.Western blotting结果显示,将PD-1蛋白线性化后,抗体3D1、2F6结合能力较强,抗体1C7次之,抗体2E7结合线性表位能力最差.与计算机模拟结果相符.结论 通过计算机分子模拟技术成功预测四株PD-1抗体3D1、1C7、2F6、2E7与抗原的结合表位,Western blotting验证结果与计算机模拟结果相符.