马疱疹病毒1型X J2015株全基因组测序及分析

摘要

马疱疹病毒1型(EHV-1)可引起马属动物多系统疾病,呈世界性分布并造成严重经济损失.为进一步认识EHV-1的分子特征,采用PCR分段扩增测序,利用ORF finder和Smart BLAST分析基因组结构及基因功能,用DAN Man和MEGA7.0进行基因组序列特征及核苷酸同源性分析.结果表明,XJ2015株全基因组序列长度为150267 bp.G+C含量为56.7％.结构简式为TRL-UL-IRL-IRS-US-TRS,包含80个开放阅读框,编码78个蛋白.同源性分析表明,32株病毒全基因组核苷酸同源性为86.74％,T RL/IRL高达99.49％,TRS/IRS仅为65.99％.XJ2015株与英国株Ab4同源性最高,达到93.58％,与美国株T-616同源性最低,为76.72％.首次获得并分析我国流行毒株E H V-1 XJ2015全基因序列,为进一步研究E H V-1的遗传背景和进化关系及基因功能的挖掘提供理论依据.