冬凌草转录组SSR位点分析及多态性初步评价

摘要

以冬凌草转录组为研究对象,使用Microsatellite(MISA)软件进行SSR搜索,分析冬凌草中SSR位点信息,并利用Primer 3设计SSR引物,对其多态性进行初步评价.结果表明:研究共发现11 114个SSR,分布于8 873条独立基因(Unigenes)中,SSR位点出现频率为24.90％,共有55种重复基元,平均每3 517 bp含1个SSR位点.SSR位点所包含的重复类型中,二核苷酸重复是主要类型,占总SSR的47.71％;其次是单碱基重复类型(35.46％).SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T和二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元,分别占总SSR的34.95％、30.16％.多态性进行评价结果表明冬凌草转录组SSR类型丰富,多态性潜能高.