翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测

摘要

本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究,并扩增分析了EST-SSR分子标记的多态性,以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育,发掘其功能性SSR分子标记.结果表明,在翘嘴鳜转录组测序得到的51245条unigenes中共检测出14094个EST-SSR位点,分布于35285条Unigenes中,出现频率为27.51％.翘嘴鳜转录组EST-SSR位点的序列总长度达到195086bp,EST-SSR位点长度分布从10-25个碱基不等,平均长度13bp;翘嘴鳜转录组EST-SSR位点共有90种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的30.62％和14.23％,且GT/AC、AAG/CCT分别占总SSR的32.12％和6.36％.随机选取100对经济性状相关EST-SSR引物的扩增产物中有24.7％表现为多态性,可作为功能性SSR分子标记开发.