基于宏基因组测序技术的糖尿病足骨髓炎微生物群落分析

摘要

目的 分析糖尿病足骨髓炎（DFO）的微生物群落,为DFO病原菌的鉴定提供依据。方法 选取2016年9月至2017年4月于南方医科大学南方医院内分泌科住院治疗的5例确诊为DFO患者的感染骨组织,其中男3例,女2例,年龄（55.8±9.5）岁。利用宏基因组测序技术分析其微生物特点,并与16S rRNA测序结果进行比较。结果 宏基因组测序显示DFO微生物多样性明显,种水平共获得优势细菌22种,丰度最高的菌种是肺炎克雷伯菌（69.66%）,其次是小韦永球菌（36.93%）、中间普雷沃菌（34.19%）。与16S rRNA测序相比,宏基因组测序能在更少样本的基础上得到更多物种信息。在属水平,两种测序方法均显示DFO以厌氧菌为主。所有样本均为多细菌感染。结论 宏基因组测序技术能发现更多DFO菌群微生态的多样性及丰度特点。在种水平,能鉴定出更多16S rRNA测序技术无法分辨的细菌,甚至可以鉴定到菌株。属水平丰度最高的细菌是厌氧菌,种水平丰度最高的细菌是兼性厌氧菌。