辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

摘要

目的研究辽宁省人类免疫缺陷病毒/艾滋病（HIV/AIDS）患者 gag-pol 区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例 HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒 DNA,经巢式 PCR 方法扩增gag-pol 区2.6 kb 片段,与 HIV S 序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算 gag-pol 区不同编码区域的基因离散率和 Ks/Ka 比值。结果在辽宁省99例 HIV-1感染者中发现A、B′、B、C、G 5种亚型,循环重组型 CRF01AE、CRF03AB、CRF06cpx、CRF07BC、CRF08BC 5种循环重组型和循环重组型间的重组 ICR07/08。以 B′亚型最多见,其次为 CRF01AE。在 gag-pol 区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于 p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但 B 亚型 p24区基因离散率处于较高水平。CRF07BC 和 CRF08BC 在 gag-pol 各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的 p2-p6区的 Ks/Ka 值最低,其均值＜1,而 CRF01AE 毒株 RT 区的 Ks/Ka 值高达10.45。结论辽宁省流行的 HIV-1 gag-pol 区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B 亚型毒株的 p24区承受较大的正向选择压力,CRF01AE 毒株 RT 区承受了较大的负向选择压力。CRF07BC 和 CRF08BC 传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。