应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析玉米内生细菌多样性

摘要

为了调查玉米内生细菌种类多样性.应用高通量测序技术测定玉米内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异.本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为96334/156;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.玉米(样品名YM)的Chaol指数为156.0,Shanno多样性指数为1.211.玉米内生细菌分布于以下6个属:鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78％)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33％)、假单胞菌属(Pseudomonas,13.33％)、希瓦氏菌属(Shewanella,6.67％)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.44％)、土地杆菌属(Pedobacter,4.44％);玉米内生细菌优势茵属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78％)、盐单胞茵属(Halomonas,33.33％).Ilhmina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源.