西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列测定及分析

摘要

目的:对保存的西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列进行测定,了解其与已报道毒株的序列差异及系统进化关系.方法:对Chin-01株病毒基因组编码区分区段进行RT-PCR扩增,分别将扩增产物直接进行测序,采用DNAstar软件将测序片段拼接获得全长编码区序列.结果与结论:Chin-01株基因组编码区全长10302nt,为单一读码框架,编码3434个氨基酸.其中结构蛋白基因为2373nt,依次编码4种结构蛋白(C,PrM,M和E);非结构蛋白基因全长7926nt,依次编码7种非结构蛋白(NS1,NS2a,NS2b,NS3,NS4a,NS4b和NS5).序列同源性分析表明,Chin-01株与埃及Eg101株高度同源,两者氨基酸序列仅有0.3%的差异.该株西尼罗病毒基因组编码区序列已输入GenBank数据库.