西尼罗病毒Chin-01株基因组非编码区的序列测定及分析

摘要

目的 对西尼罗病毒(WNV)Chin-01株基因组非编码区(UTR)序列进行测定,了解其与已报道毒株的序列差异及系统发育关系.方法 采用5'和3'RACE法对Chin-01株病毒基因组的UTR进行RT-PCR扩增,测定扩增产物序列,采用DNAstar软件对该株及其他9株WNV的UTR进行序列同源性分析,同时构建了基于3'UTR的系统发育树,并用RNA structure软件预测其二级结构.结果 Chin-01株基因组5'和3'UTR分别为96nt和630nt,序列同源性分析的结果表明,其5'UTR与其他9株的同源性均达到99%或100%,而3'区UTR与埃及Eg101株的同源性最高,达98.1%.5'UTR的起始核苷酸为ACT,并含有一段与3'UTR互补的14nt序列.3'UTR的末端为CUOH,包含一段完全保守的5nt序列,以及三个保守的称为CS2、RCS2和CS1的基序.二级结构预测发现,Chin-01株5'UTR呈长茎环结构,3'UTR的3'端也可形成多个保守的茎环结构.结论 Chin-01株与埃及Eg101株亲缘关系最为密切.