激素性股骨头坏死mRNA与非编码RNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析

摘要

目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得到差异miRNAs。利用miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库分别预测SONFH相关miRNAs的靶向mRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络。采用clusterProfiler包对上述调控网络中的mRNAs进行功能富集分析,利用Starbase数据库预测其lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果共筛选出422个显著差异mRNAs、22个显著差异miRNAs和416个显著差异lncRNAs。通过miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库预测的靶向mRNAs与上述差异mRNAs交叉映射,确定46个mRNAs参与SONFH相关miRNA-mRNA调控网络的构建;GO功能富集分析显示,miRNA-mRNA网络可能参与细胞增殖和细胞周期等生物学过程。通过Starbase数据库预测的靶向lncRNAs与上述差异lncRNAs交叉映射,确定3个lncRNAs参与SONFH相关lncRNA-miRNA调控网络的构建,最终构建VASH1-AS1相关的ceRNA调控网络,SLC5A6、NQO2和THAP6可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接被VASH1-AS1调控。结论VASH1-AS1可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接调控SLC5A6、NQO2和THAP6,而VASH1-AS1、has-let-7d-5p和NQO2可能作为调控因子,通过调控网络参与调节“血管新生-骨形成耦联”机制,在SONFH发病过程中起关键作用。