云南宣威地区肺癌长链非编码RNA、mRNA基因表达谱检测与竞争性内源RNA分析

摘要

目的云南宣威地区是中国乃至世界肺癌高发区,探究长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA的差异表达,构建竞争性内源RNA(ceRNA)共表达网络,为宣威地区肺癌的分子诊断和治疗提供新思路。方法采用晶芯lncRNA+mRNA表达谱芯片对10对宣威地区肺癌组织及癌旁正常组织进行检测,用生物信息学的方法(GO,Pathway和networkanalysis)对差异表达的mRNAs进行分析。结果通过肺癌标本与癌旁正常组织对比,从中找到差异表达的lncRNA有384条(差异倍数≥2.0,P<0.05),其中表达上调的有78条,表达下调的有306条。上调表达差异最大的是ab Parts(差异倍数:7.522),下调表达差异最大的是XLOC_012046(差异倍数:9.001)。946条差异表达的mRNA(差异倍数≥2.0,P<0.05),其中上调和下调最具意义的是SPP1(差异倍数:16.500)和AGER(差异倍数:14.377)。lncRNA和mRNA在宣威地区肺癌中呈现出高低表达的两种趋势,差异表达的mRNA在生物过程、分子功能、细胞组成中分别以单一生物过程、结合和膜功能方面的数目差异最明显。上调表达的mRNA主要参与的信号通路有钙离子信号通路、吞噬体、造血细胞谱系等,下调表达差异的mRNA主要参与了造血细胞谱系、钙离子信号通路等方面的通路。lncRNA和mRNA之间呈一对一或一对多的相关,其中p14245(LINC00472)与Q9H8W2和XLOC_005764共表达。ENSG00000244513.2(ceRNA-score:0.461)和ENSG00000257424.1(ceRNA-score:0.372)所调节的SEMA5A和SEMA6A在mRNA表达谱中都呈下调表达。SEMA5A主要参与细胞黏附、生物黏附、脉管系统发展等功能,SEMA6A主要参与细胞表面受体连锁信号转导、细胞运动、细胞骨架组织等功能。结论通过微阵列找到宣威地区肺癌组织中差异表达的lncRNA表达谱可能会成为宣威地区肺癌的新型生物标志物或治疗靶点。