通过生物信息学分析鉴定脓毒症患者中性粒细胞中差异表达的基因、转录因子、miRNA和通路

摘要

目的:脓毒症是由宿主对感染的反应失调引起的危及生命的器官功能障碍.我们旨在使用生物信息学分析筛选与脓毒症中性粒细胞相关的关键生物标志物.方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载与脓毒症患者中性粒细胞相关的微阵列数据集,筛选差异表达基因(DEG),进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,构建蛋白质?蛋白质互作网络,预测转录因子?调控基因网络,通过miRWalk2.0等数据库预测miRNA?DEG配对.验证筛选的差异基因、转录因子和miRNA,绘制受试者工作特征曲线(ROC)并计算曲线下面积(AUC)值.结果:数据集分析筛选出116个DEG.AKT1、MMP9在PPI网络中作为核心基因表达.ETS1和has?miR?124?3p可能通过分别靶向AKT1和RPS6KA5在调节网络中发挥作用.数据集验证显示MMP9(AUC=0.955)、ETS1(AUC=0.950)、RPS6KA5(AUC=0.945)能够较好的区分脓毒症和对照样本.AKT1识别脓毒症和对照组的能力一般(AUC=0.602).has?miR?124?3p具有区分脓毒症休克组与对照组的显著诊断价值(AUC=0.889),也可用于区分脓毒症和对照组(AUC=0.833).结论:AKT1、MMP9、靶向AKT1的ETS1和靶向RPS6KA5的has?miR?124?3p可能参与脓毒症中性粒细胞的病理生理过程,而且对脓毒症具有诊断价值.