基于基因组和转录组数据的甲壳类系统发育研究

摘要

甲壳类是节肢动物的一个亚门,在水生环境中占主导地位,在生态学和渔业中具有重要的地位。在过去的十多年间,利用基因序列探讨甲壳纲深层次的系统发育关系已取得初步进展,但是大多数系统发育研究是基于线粒体基因和少量的核基因进行的。随着高通量测序的普及,利用转录组和基因组数据研究物种间系统发育关系已成为可能。筛选足够的单拷贝基因是构建可信系统发育树的关键。本文根据BUSCO建立的节肢动物1 066个单拷贝的直系同源数据库,利用hmmsearch将甲壳纲的10个物种的氨基酸序列与之比对,最终筛选出346个直系同源单拷贝基因,并以此构建了系统发育树,讨论了等足目、端足目、哲水蚤目、枝角目和十足目的系统发育关系,包括十足目对虾科的亚属划分问题。本文建立的基于基因组和转录组构建系统发育树的方法为其他物种系统发育关系的讨论提供了重要的方法参考。