乳腺癌差异表达长链非编码RNA的筛选与分析

摘要

目的 通过乳腺癌差异表达长链非编码RNA(lncRNA)的筛选,探讨其在乳腺癌发生、发展中的作用及潜在功能。方法 收集2018年9月—11月新疆医科大学附属肿瘤医院5对女性乳腺癌组织标本及其癌旁正常组织(距肿瘤大于5 cm)标本,通过RNA提取、标记和杂交、芯片实验,以差异倍数(FC)≥2倍,t检验的P值<0.05作为筛选条件,筛选出差异表达的lncRNA。对筛选的lncRNA在正常乳腺组织和乳腺癌癌组织的表达量进行聚类分析。对差异lncRNA基因本体(Gene Ontology,GO)富集和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析获得lncRNA参与的生物学途径。结果 乳腺癌组织与癌旁组织相比,乳腺癌组织中具有2倍以上的差异表达(|log2FC|>1)lncRNA共有1 150条,其中上调lncRNA 551条,下调lncRNA 599条。下调lncRNA差异最显著的为XR_159043.1(FC=26.878,P<0.05),上调lncRNA差异最为显著的是ENST00000427451.1(FC=11.478,P<0.05)。通过GO富集分析发现,lncRNA广泛参与了包括RNA加工、DNA剪接、基因表达、含核碱基的化合物代谢、核酸转运mRNA剪接等生物学进程。KEGG信号通路富集分析发现,lncRNA参与了PI3K-AKT、RIG-I样受体信号通路,参与了癌症中的转录失调、病毒感染、雌激素信号通路等进程,并测出差异表达lncRNA有119种靶基因。结论 本研究是乳腺癌相关的lncRNA谱的补充,研究发现了一定数量差异表达的lncRNA,并预测其功能靶向基因和途径,有望为乳腺癌的靶向治疗和预后评估提供新的参考依据。