粳稻MYB蛋白家族的生物信息学分析

摘要

运用隐马尔柯夫模型(Hidden Markov model,HMM),对粳稻Oryza sativa L. ssp. japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白(MYB-related protein).进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1～8号特别明显.运用基于EM(Expectation maximization)算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析.