毛竹R2R3-MYB蛋白家族生物信息学分析

摘要

目的：MYB蛋白是植物体内最大的一类转录因子,在植物代谢、发育和抗逆等方面发挥重要作用.然而,在毛竹(Phyllostachys edulis)中尚未有MYB基因家族的相关报道.本研究首先进行R2R3-MYB基因家族信息的挖掘,并利用生物信息学分析工具对其进行了分析,为进一步深入研究、认识与调控毛竹R2R3-MYB转录因子提供了重要的研究基础. 方法：通过对毛竹基因组数据库进行搜索确定R2R3-MYB蛋白序列.利用Clustal X2.1和MEGA6软件进行多序列比对并建立系统进化树,进一步对其基因结构和保守的蛋白基序进行分析.同时利用Plant CARE在线软件分析R2R3-MYB上游启动子所含顺式作用元件. 结果：本文共确定了110条具有完整结构域的R2R3-MYB蛋白,通过与水稻、拟南芥的同源序列进行比对将其分为46个亚家族,大多数亚家族都具有保守的基因结构和蛋白基序.顺式作用元件分析发现,大部分毛竹R2R3-MYB转录因子上游启动子中包含与抗逆、植物激素调控和光响应相关的应答元件,主要包括干旱胁迫响应元件(MBS)、茉莉酸甲酯响应元件(TGACG-motif和CGTCA-motif)、脱落酸途径调控元件(ABRE)等. 结论：在毛竹中,R2R3-MYB蛋白家族是一类重要的基因家族,在响应生物和非生物胁迫、参与生长发育和次生代谢物调控等方面都发挥了重要作用.