连翘ARF基因家族的鉴定及生物信息学分析

摘要

本研究基于连翘[Forsythia suspensa(Thunb.) Vahl]基因组鉴定了连翘ARF(Auxin Response Factor)基因家族成员,并对FsARF基因进行生物信息学分析与功能预测。利用生物信息学的方法,对FsARF基因家族成员的基本性质、染色体定位、进化树、基因结构、结构域、顺式作用元件、不同组织表达模式进行分析。共鉴定出35个FsARF基因(FsARF1-35),它们在染色体上均有分布,其中3个分别分布在未挂载的片段,FsARF基因可分为5个亚族。35个ARF基因编码的蛋白质由326~1086 aa组成,连翘ARF基因编码的35个蛋白均为亲水性蛋白,其亚细胞定位在细胞核内。FsARF蛋白的二级结构主要由无规则卷曲构成。35个FsARF蛋白均含有DBD、Auxin_resp结构域,其中20个含有CTD结构域。35个FsARF基因启动子顺式作用元件与植物激素、生长发育、防御与胁迫、次级代谢产物合成相关。FsARF基因在不同组织部位差异表达。FsARF基因在植物生长发育过程中、应对激素与非生物胁迫时起着重要调控作用,其中FsARF2可能对花生长发育,FsARF6、FsARF14对果实发育起着重要调控作用。