基于转录组的百香果ARF基因家族的鉴定及表达分析

摘要

基于转录组数据对百香果ARF基因家族(PeARFs)进行鉴定,利用生物信息学软件分析其编码蛋白的理化性质、保守结构域、保守基序、系统进化情况,同时比较了它们在‘福建3号’(黄果)和‘福建1号’(紫果)不同果实成熟阶段的表达差异.共鉴定得到13个PeARF成员,其编码的蛋白质含有365~970个氨基酸,分子质量约为39.95~106.33 ku,等电点为5.40~8.94.保守结构域分析结果显示,所有PeARF蛋白质均具有典型的B3和Auxin-resp结构域,仅4个成员(PeARF6、PeARF8、PeARF12、PeARF13)具有Aux/IAA结构域.保守基序分析表明,PeARFs共包含15个保守基序,每个成员包含保守基序类型和数目不同.亚细胞定位预测结果显示,13个PeARFs均定位于细胞核.系统进化分析结果显示,PeARFs蛋白可分为4个亚家族.13个PeARFs基因在果实不同发育期呈现一定的时间和品种表达特异性,其中PeARF1、PeARF6、PeARF7、PeARF8和PeARF10在两品种中的表达均随着果实的成熟而下降,而PeARF12则随着果实的成熟而上升.本研究表明PeARFs家族中的部分成员可能与果实的成熟密切相关,结果可为进一步揭示百香果ARF基因的功能提供依据.