犬冠状病毒V1株纤突蛋白全基因克隆与序列分析

摘要

首次对犬冠状病毒(CCV)V1株纤突蛋白(S)基因进行了克隆和测序。根据GenBank中报道的CCVV54株S基因序列,设计了一对特异性引物,对CCVV1野毒株S基因进行了RT-PCR扩增。将扩增得到的PCR产物纯化后克隆到pGEM-T中得到重组质粒pTS,用于序列测定。结果该基因全长4362bp,编码1453个氨基酸,N端前18个氨基酸为推测的信号肽序列,后1435个氨基酸构成成熟蛋白。将V1株S全基因与GenBank中已发表的6个CCV毒株S基因进行了比较,结果核苷酸序列同源性在91.0%～99.0%之间;推导的氨基酸序列同源性在93.0%～99.0%之间;同时发现CCV变异区主要集中在S基因前1/2处,其中350-370、439-478、1718-1818三个区域碱基变异较大,而1060-1700区碱基却十分保守。基于S全基因聚类分析结果表明,S基因分型结果与CCV毒力强弱并不一致;V1野毒株推导的S蛋白潜在的N-联糖基化位点与CCVV54强毒相同,均为34个,比Insavc-1弱毒多一个;其中第566-568位糖基化位点是多数强毒拥有而弱毒Insavc-1没有的。推导的V1株S蛋白疏水性及抗原表位与Insavc-1株有一定的差异,这些差别对病毒致病性和免疫原性等影响需进一步的研究。