基于TCGA数据库构建和分析胃癌相关ceRNAs网络

摘要

目的 整合TCGA数据库中转录谱表达数据,建立lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源性RNA(ceRNA)网络,探讨lncRNA介导的ceRNA在胃癌中的功能作用和调控机制以及它们在预测胃癌预后方面的潜在应用.方法 从TCGA数据库中获得375个胃癌组织及32个相邻胃组织的mRNA、lncRNA、miRNA的异常表达谱.构建胃癌中的lncRNA-mRNA-miRNA ceRNA网络.同时,利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)和KEGG通路分析.结果 本研究总共获得差异表达mRNA 2669条,lncRNA 616条,miRNA 148条,并在胃癌中构建了差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,该ceRNA网络共包含49个DElncRAN,21个DEmiRNA,61个DEmRNA.根据整体生存分析,49个DElncRNA中有6个,61个DEmRNA中有20个,21个DEmiRNA中有7个作为胃癌患者预后生物标志物(P<0.05).进一步提取了ceRNA网络中的子网络,发现两个新的lncRNA被识别为关键基因,分别为lncRNA LINC00330和lncRNA MIR205HG.结论 新识别的ceRNA网络将有助于更好地理解lncRNA介导的ceRNA调控机制在胃癌发病机制中的作用,lncRNA LINC00330,MIR205HG可能为胃癌发生发展中的关键分子.