基于TCGA和GEO数据库构建胃癌ceRNA调控网络

摘要

目的 利用生信分析筛选胃癌中的差异表达基因(DEGs),构建胃癌竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,预测胃癌诊治的潜在靶点.方法 对TCGA数据库和GEO数据库中获得的测序数据进行差异基因分析,挖掘胃癌中差异表达的LncRNAs、mRNAs和miRNAs,并构建ceRNA网络.利用在线DAVID数据库对差异基因进行GO分析和KEGG分析.利用荧光定量PCR对部分差异基因进行临床样本验证.结果 共筛选出95个差异基因,可能参与受体配体激活、信号受体激活、丝氨酸型肽酶激活、丝氨酸水解酶激活、化学排斥物激活以及跨膜受体蛋白络氨酸激酶激活等生物学过程,影响癌症中的转录调节失调、癌症中的miRNAs等信号通路.结论 成功构建了参与胃癌发生、发展的LncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并对部分基因进行临床标本验证,为胃癌诊断和治疗的分子生物学研究提供新的依据.