基于TCGA数据库肺腺癌RNAs构建ceRNA网络的综合分析

摘要

目的基于TCGA数据库挖掘肺腺癌差异表达的RNAs,通过ceRNA网络的综合分析并预测其与患者预后的相关性。方法利用TCGA数据库下载肺腺癌的表达数据,使用R软件“edgeR”包初步筛选差异表达的RNAs,进一步构建肺腺癌的lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络,对ceRNA网络中的mRNAs进行了K-M生存分析。结果筛选的差异表达的RNAs中有3个mRNA(ANLN、IGFBP1、TFAP2A)、4个lncRNA(AC015923.1、FGF12-AS2、LINC00211、MED4-AS1)、2个miRNA(hsa-mir-31、hsa-mir-490),均与预后相关。其中hsa-mir-31预后价值最高(P<0.001),LINC00461和has-mir-139为关键节点的ceRNA调控网络。结论本次筛选出的3个mRNA、4个lncRNA和2个miRNA可作为肺腺癌的新候选预后因子,且LINC00461和has-mir-139是肺腺癌ceRNA中两个重要的调控网络节点。