金黄色葡萄球菌的药靶基因预测

摘要

目的利用生物信息学方法从基因层面筛选金黄色葡萄球菌(金葡菌)药靶基因。方法应用Zcurve、Prodigal等软件重新注释金葡菌基因组并预测到61个漏注释基因,其次列出金葡菌的必需基因170个、高表达基因185个(20~205个)及基因组岛基因32个,通过同源比对排除人类及有益肠道菌群基因,最后在DrugBank上检索核查目标药靶。结果通过反复筛选并排除肠道有益菌群后最终得到SAZ172_0418、SAZ172_0420、SAZ172_1976、SAZ172_1978、SAZ172_1980、SACOL1524、SA2981_1507、SA2981_2326、SA2981_2521、SA2981_1955共10个可作为药靶的基因。结论筛选出的10个基因可对金葡菌耐药菌株的广谱抗菌药物研制提供理论帮助。