基于多数据库分析外泌体基因在肝细胞癌中的表达及其意义

摘要

目的通过对多个数据库中筛选出的肝细胞癌(HCC)患者癌组织和血液中外泌体差异表达基因的分析,挖掘与HCC预后密切相关的外泌体关键基因,并揭示HCC发展的分子机制。方法应用GEO、TCGA以及exoRbase数据库筛选出HCC患者癌组织和血液中差异表达的外泌体基因,并通过Survival R语言程序获得与预后密切相关的关键基因,通过构建CeRNA网络对关键基因进行可视化分析,并应用基因富集分析(GSEA)对关键基因进行功能预测。结果从GEO、TCGA及exoRbase数据库中筛选出HCC癌组织及血液中差异表达的外泌体mRNA 38个,lncRNA 23个,miRNA 274个,进一步确定了与预后密切相关的8个外泌体关键基因,即lncRNA GTF2IRD2P1、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-613、PTMA、CDC42、HNRNPA3、STK4;通过构建CeRNA网络,发现hsa-miR-613可分别竞争性结合lncRNA GTF2IRD2P1、CDC42、PTMA、HNRNPA3,hsa-miR-206可分别竞争性结合lncRNA GTF2IRD2P1、CDC42、PTMA与HNRNPA3,hsa-miR-23b-3p可竞争性结合lncRNA GTF2IRD2P1与STK4;GSEA功能富集分析结果显示,这些关键基因主要与“器官或组织特异性免疫应答”和“囊泡内吞过程”功能相关。结论通过生物信息学方法分析筛选出与预后相关的外泌体关键基因,并构建了CeRNA网络以明确其调控关系,为探讨HCC发展的分子机制提供了理论依据。