基于TCGA数据库分析CCDC34基因在肝细胞癌中的表达及意义

摘要

cqvip:目的研究卷曲螺旋结构域蛋白34(CCDC34)基因在肝细胞癌中的表达以及临床价值,预测CCDC34基因在肝细胞癌发生发展中的作用。方法从癌症基因组图谱(TCGA)下载肝细胞癌数据集,获得CCDC34基因表达谱和临床信息。利用生物信息学方法,分析CCDC34基因在肝细胞癌中的表达水平与临床病理指标的相关性以及对预后的影响。用基因集富集分析(GSEA)预测CCDC34基因在肝细胞癌中调控的可能通路。计量资料2组间比较分别采用独立样本t检验及配对t检验。生存分析采用Kaplan-Meier法及log-rank检验;并运用Cox比例风险回归模型分析影响患者预后的危险因素。GSEA判断显著性富集的标准为P<0.01,且错误发现率(FDR)<0.05。结果在TCGA数据库中,CCDC34基因在肿瘤组织中高表达,其表达水平在TNM分期和肿瘤分级之间差异均有统计学意义(t值分别为2.118、3.622,P值分别为0.035、<0.001)。CCDC34基因高表达的患者总生存期明显低于CCDC34基因低表达的患者(χ2=21.716,P<0.05)。多因素Cox回归分析提示CCDC34基因的表达水平(HR=2.287,95%CI:1.312~3.987)和TNM分期(HR=1.943,95%CI:1.101~3.429)是影响肝细胞癌患者总生存期的独立危险因素(P值均<0.05)。CCDC34基因高表达的样本存在碱基切除修复和剪接体等8个通路基因集的富集(P值均<0.01,FDR值均<0.05)。结论CCDC34基因可能在肝细胞癌的发生发展中发挥重要作用,有望成为判断肝细胞癌预后的指标和潜在的新治疗靶点。