应用基因本体数据库分析中波紫外线对HaCaT细胞microRNA表达的影响

摘要

目的 应用基因本体(Go)数据库分析中波紫外线(UVB)对人永生化角质形成细胞(HaCaT细胞)microRNA (miRNA)表达的影响.方法 HaCaT细胞根据UVB强度(100mJ/cm2、200mJ/cm、400mJ/cm2)及辐照时间(12～24h)的不同组合,完成7张miRNA芯片[(对照、100mJ/cm2(12h)、100 mJ/cm2 (24h)、200mJ/cm2(12h)、200mJ/cm2(24h)、400 mJ/cm2 (12h)、400mJ/cm2(24h)]的制作及扫描,筛选差异表达的miRNAs,采用TargetScan进行靶基因预测,并对其进行基于GO数据库的功能富集分析.结果 不同强度UVB辐照HaCaT细胞后均出现差异miRNA表达,其中400 mJ/cm2 UVB处理组的miRNA差异表达最为明显,根据差异倍数(fc)筛选9个miRNAs拟进行后续实验研究,分别为上调表达的miR-8063、miR-1273f、miR-4497、miR-4778-5p、miR-6510-5p和下调表达的miR-1973、miR-5100、miR-205-3p、miR-4485-3p.靶基因预测及GO富集分析发现部分靶基因功能涉及T淋巴细胞介导的细胞毒作用、T淋巴细胞耐受、B淋巴细胞分化、自然杀伤细胞增生、树突细胞抗原处理提呈、免疫球蛋白产生以及中性粒细胞稳态等方面.结论 UVB作用HaCaT细胞后存在差异表达miRNAs,其靶基因功能与体液免疫和细胞免疫相关.