回溯搜索丁型肝炎病毒核酶的折叠路径

摘要

RNA生物功能与其折叠的动力学过程密切相关.文章采用枚举法给出丁型肝炎病毒(Hepatitis Delta Virus,HDV)核酶序列的折叠空间,作为回溯搜索的解空间.结合自由能曲面计算了空间内构象之间的转换速率.采用回溯搜索算法,从天然态开始确定了HDV核酶序列的折叠路径,并利用主方程方法分析了路径上具有直接转换关系的结构之间占据几率随时间的变化.结果显示,HDV天然态的形成过程呈两相性,并且主要有3条折叠路径.另外在折叠过程中存在一个滞留时间较长的中间态假结结构.